مشابه همه داروهای دیگر ، کپسول پی اسکلتون هم دارای عوارض جانبی است ، اگرچه تمامی عوارض در همه افراد دیده نمی شود. از مهم ترین عوارض جانبی می توان به موارد زیر اشاره کرد : ایجاد بوی چربی در آروغ زدن که با مصرف کپسول با غذا این مشکل برطرف می شود. در موارد نادر باعث ایجاد حساسیت نسبت به هریک از اجزای سازنده این محصول می شود. در موارد نادر باعث افزایش سطح آنزیم ها ی کبدی خون مثل آلکالین فسفات ها می شود. در موارد جزیی باعث درد معده و یا ایجاد اسهال می شود. مصرف در دوران بارداری و شیردهی : با توجه به این که اطلاعات و داده های کافی برای اثرات تراتوژنیک و سمیت این فرآورده روی جنین وجود ندارد ، توصیه می شود که از مصرف این فرآورده در دوران بارداری و شیردهی خودداری شود.